Новое исследование о «родословной» коронавируса

Обсудить на форуме - Помощь проекту

Ближайшего предка коронавируса никогда не найдут?

На конференции в Сингапуре были представлены результаты анализа геномов SARS-CoV-2 и родственных коронавирусов летучих мышей и панголинов. Похоже, некоторые из них и возбудитель COVID-19 отделились от общего предка не позже чем в 2016 году, то есть всего за три года до пандемии. Проблема в том, что коронавирусы часто обмениваются целыми кусками генома, поэтому вывод справедлив только для одного фрагмента SARS-CoV-2, а шансы найти непосредственного предка SARS-CoV-2 малы. Об этом пишет Nature.

Геномы коронавирусов состоят примерно из 30 тыс. «букв». Если знать, сколько в них различий и с какой скоростью они накапливаются, то можно судить о времени отделения от общего предка. Например, вирус BANAL-52 идентичен SARS-CoV-2 на 96,8%, а вирус RaTG13 — на 96,1%. Следовательно, их разделяют 40–70 лет эволюции. Однако в этом методе не учитывается, что коронавирусы вдобавок обмениваются кусками генома. Одни фрагменты могут быть эволюционно ближе, чем другие.

В новой работе исследователи отдельно анализировали 27 сходных сегментов геномов 18 коронавирусов длиной от нескольких сотен до пары тысяч «букв». Каждый кусок сравнивали с геномами еще 167 вирусов, чтобы разобраться в происхождении SARS-CoV-2.

Большинство сегментов имели общего предка с SARS-CoV-2 в районе 2007 года, а у двух коротких сегментов такой имелся примерно в 2015 и 2016 годах. Эти сегменты были получены из летучих мышей, пойманных на юге Китая и в Лаосе. Авторы работы предполагают, что ближайшие предки SARS-CoV-2 циркулировали в тех краях. Правда, из-за малой длины сегментов расчеты не так надежны, как в других случаях.

Непосредственный прародитель SARS-CoV-2 мог образоваться из нескольких вирусов, а затем продолжил рекомбинировать и мутировать. Если продолжить искать коронавирусы в летучих мышах из Юго-Восточной Азии, то можно найти фрагменты геномов, которые еще ближе к SARS-CoV-2, чем уже известные. Но, как считают авторы работы и не участвовавшие в исследовании ученые, вряд ли так удастся отыскать ближайшего предка возбудителя COVID-19.

«Омикрон» появился год назад и захлестнул планету. Такое может повториться?

Прошлая осень была сравнительно спокойной, пока не появился вариант коронавируса «омикрон». Первый выявленный случай заражения датируется 9 ноября 2021 года. Уже в декабре «омикрон» распространился по всему миру. За считаные недели он вытеснил преобладавшую в то время «дельту» и поднял крупнейшую волну заболеваемости COVID-19 за всю пандемию. The Atlantic расспросил специалистов о том, может ли появиться еще одна разновидность коронавируса, которая вызовет что-то подобное.

По мнению опрошенных экспертов, повторение событий прошлой зимы маловероятно, но не исключено. С одной стороны, за год укрепился популяционный иммунитет: почти все переболели (речь о США, но это верно и применительно к жителям большинства других стран), многие ревакцинировались. Из-за этого коронавирус реже вызывает тяжелую болезнь и ему труднее передаваться от человека к человеку.

В 2022 году все заметные разновидности SARS-CoV-2 произошли от «омикрона». Лабораторные эксперименты показали, что некоторые из них, например BQ.1 и BQ1.1, могут распространяться быстрее предшественников. Но на деле стремительного роста заболеваемости не случилось. Есть надежда, что и любому другому потомку «омикрона» это не по силам. Чтобы поднялась высокая волна, коронавирус должен сильно измениться, но, по идее, он не может меняться бесконечно, ведь это влияет на способность проникать в клетки.

С другой стороны, даже новые разновидности «омикрона» могут доставить неприятности. В последнее время люди неохотно ревакцинируются, намного реже носят маски и тестируются. Вдобавок этой осенью вернулись вирусы гриппа и другие патогены, вызывающие респираторные инфекции. Даже сравнительно небольшой прирост случаев может перегрузить системы здравоохранения.

Также настораживает, что из-за мутаций вируса препараты на основе моноклональных антител перестают действовать. Эти средства особенно нужны пациентам с подавленной иммунной системой. Вирус в их организме иногда остается месяцами. Возможно, именно так появился «омикрон» — и есть риск, что хроническая инфекция породит новый опасный вариант.